حرم شریف نبوی در طول تاریخ تغییرات و اضافات بسیاری را حول هسته مرکزی خود شاهد بوده است . محوطه حرم امروز به حدی توسعه یافته که گفته می شود برابر با مساحت مدینه النبی (ص) در زمان حیات آن حضرت است .
در طرح توسعه حرم اغلب بناها و آثار و مفاخر اسلامی که متعلق به اهل بیت عصمت و طهارت بوده مانند بیوت ائمه که در کوچه ای به نام بنی هاشم در جوار حرم قرار داشتند ، از بین رفته و جای آنرا سنگهای مرمرین پوشانده است.
هسته ی مرکزی و قطب حرم شریف نبوی مرقد منور آن حضرت است که گنبدی سبز بر فراز آن قرار دارد و در زمان حیات منزل آن حضرت بوده است و ابوبکر و عمر نیز در آن مدفون هستند.
یکی از اماکنی که به احتمال حضرت زهرا (س) در آن مدفون هستند این محل است.
تاریخ شهادت حضرت زهرا (س) به چند روایت در تاریخ ذکر شده است ولی روایت معروف سیزدهم جمادی الاولی و روایت صحیح تر سوم جمادی الثانی سال 11 هجری است که بنا بر قول اول 75 روز و بنا بر روایت دوم 95 روز بعد از رحلت رسول الله زندگی نموده است.
اگر چه موضع قبر و محل دفن حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها برای ائمه اطهار آشکار است ولی برحسب حکم و اسراری که در کار بوده موظف به اظهار و افشاء آن نبوده اند مخصوصا که خود حضرت فاطمه(س ) در توصیه و سفارشات خود بر اخفاء محل دفن خود اصرار داشته است.
اما در عین حال اهل تحقیق از آن صرف نظر ننموده بلکه کنجکاوی بسیار داشته اند که بر محل دفن آن بزرگوار اطلاع حاصل نمایند؛ در نتیجه با قرائن و امارات به سه نقطه به عنوان محل دفن حضرت فاطمه زهرا دخت گرامی حضرت خاتم الانبیاء محمد مصطفی صلوات الله علیهما ظن قوی پیدا کرده اند.اول روضه رسول الله پدر حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها.دوم خانه خود حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها. سوم در بقیع که مدفن و موضع قبر آن حضرت از این سه نقطه خارج نیست .
در کتاب مناقب "ابن شهر آشوب " آمده است : شیخ طوسی رحمةالله علیه گفته است قول صحیح تر در مورد قبر حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها این است که آن حضرت در خانه خودش یا در روضه پیغمبراکرم صلی الله علیه و آله و سلم دفن شده است و مؤید و شاهد این قول حدیثی است که از حضرت رسول الله نقل گردیده که فرموده است بین قبر من و منبرم روضه و باغی است از باغهای بهشت.
علامه مجلسی رحمةالله علیه در کتاب بحارالانوار از ابن بابویه نقل نموده که گفته نزد من به صحت رسیده که پیکر مطهر حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها را در بیت خودش مدفون نمودند و بعد از آن که بنی امیه مسجد را توسعه دادند قبر فاطمه علیهاالسلام در مسجد واقع و جزء مسجد شد. صاحب کشف الغمه می نویسد: مشهور آن است که حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها را در بقیع دفن کردند.
اینکه جسد حضرت فاطمه زهرا (س) پاره تن حضرت محمد مصطفی علیها افضل التحیة والثناء در روضه منوره پدرش دفن گردیده است اصح و اصوب از تمام اقوال است و شاهد و موید این نظریه آن است که حضرت امیرالمومنین علی علیه السلام در روضه پیغمبر خاتم صلی الله علیه و آله و سلم بر حضرت فاطمه علیهاالسلام نماز خواند و سپس پیغمبر را مخاطب ساخت و فرمود سلام من و دخترت که در جوارت قرار گرفت بر تو باد یا رسول الله و این که دستی از قبر مبارک بیرون آمد و فاطمه را در برگرفت و مسلم است که آن دست مبارک پیغمبر پدر بزرگوار فاطمه زهرای اطهر بوده است .
و نیز دارد که از حضرت مولانا علی بن محمد الهادی علیه الصلوة والسلام، به صورت کتبی سوال شده است. در این مورد سائل می پرسد: اگر صلاح می دانید محل بیت مادرتان حضرت فاطمه زهرا (س) را بفرمائید و خبر دهید.
« أ هی فی طیبته او کما یقول الناس فی البقیع؟ فکتب هی مع جدی صلوات الله علیه و آله. »
آیا محل دفن مادرتان در طیبه است یعنی در مدینه منوره یا همانطور که بین مردم مشهور است و می گویند در بقیع است؟ حضرت امام هادی علیه السلام در پاسخ مرقوم فرمود و نوشت آن حضرت با جدم رسول الله صلوات الله علیه و اله می باشد و این فرمایش حضرت تأیید و شاهد دیگری است بر این نظریه که بگوئیم حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها با پدر بزرگوارش حضرت رسول الله می باشد.
در عین حال وظیفه ما شیعیان و محبان حضرت فاطمه زهرا سلام الله علیها این است که در تمام اماکن نامبرده آن حضرت را زیارت نماییم و در مقام زیارت بگوییم:
السلام علیک یا سیدة نساء العالمین
السلام علیک یا والدة الحجج علی الناس اجمعین
السلام علیک ایتهاالمظلومة الممنوعة حقها
السلام علیک یا بنت رسول الله . السلام علیک یا بنت نبی الله
السلام علیک یا بنت حبیب الله . السلام علیک یا بنت خلیل الله
السلام علیک یا بنت صفی الله . السلام علیک یا بنت امین الله
السلام علیک یا بنت خیر خلق الله . السلام علیک یا بنت افضل انبیاء الله و رسله و ملائکته
السلام علیک یا بنت خیرالبریه. السلام علیک یا سیدة نساء العالمین من الاولین و الاخرین
السلام علیک یا زوجة ولی الله و خیر خلقه بعد رسول الله
السلام علیک یا ام الحسن و الحسین سیدی شباب اهل الجنة
السلام علیک یا ام المومنین. السلام علیک یا ایتها الصدیقة الشهیده
السلام علیک ایتها الرضیة المرضیه
السلام علیک ایتها الفاضلة الزکیه. السلام علیک ایتها الحوراء الانسیه
السلام علیک ایتها التقیة النقیه. السلام علیک ایتها المحدثة العلیمه
السلام علیک ایتها المعصومة المظلومه
السلام علیک یا فاطمه بنت محمد رسول الله و رحمة الله و برکاته